Wenn die Datenbank und der Datenfolder auf der externen Harddisk liegen, so wie hier beschrieben, dann theoretisch ja.
Aber… Ich habe zum Beispiel keine Ahnung, was passiert, wenn Nextcloud aktualisiert wurde und man dann eine SD-Karte mit einer älteren Version von Nextcloud startet und sich diese mit einer Datenbank verbindet, die bereits mit einer neueren Version von Nextcloud verwendet wurde. Im besten Fall musst du nur alle zwischenzeitlichen Updates erneut durchführen, im schlimmsten Fall gibt es weitere Seiteneffekte und du bist wieder in einer ähnlichen Situation wie jetzt.
Ich würde also zumindest nach jedem Nextcloud Update einen neuen Clone der SD-Karte erstellen. Aber auch das ersetzt imho kein vollwertiges Backup, sprich ich würde trotzdem noch regelmässige reguläre Backups auf eine dritten Datenträger machen.