Das habe ich mir irgendwie fast schon gedacht. 
Leider kann ich hier auch keine wirkliche Lösung anbieten, da ich weder Docker noch das Linuxserverio-Image noch Unraid noch den NGINX Proxy Manager verwende. Ausserdem kann sich die exakt benötigte Reverse-Proxy-Konfiguration je nachdem, welches Nextcloud-Image und welchen Reverse Proxy man verwendet, unterscheiden.
Auch bin ich mir nicht sicher (sorry es ist heiss und der Thread lang), welche Probleme jetzt gelöst sind und welche noch bestehen. Falls nur noch das well_known-Problem besteht, kann es gut sein, dass es an der Proxy-Konfiguration liegt.
In Zusammenhang mit Reverse Proxies ist aber auch wichtig, dass die Nextcloud-config.php korrekt konfiguriert ist: Reverse proxy — Nextcloud latest Administration Manual latest documentation.
Falls dir hier niemand mehr helfen kann, würde ich vorschlagen, dass du einen neuen Thread eröffnest und mindestens folgende Infos postest.
- Beschreibung der Fehler, die noch bestehen. (Beschreibung und, falls vorhanden, exakte Fehlermeldungen und Logs).
- Welches Betriebssystem du verwendest. (Unraid in deinem Fall).
- Welches Nextcloud-Docker-Image du verwendest (Linuxserverio in deinem Fall) und wie es konfiguriert ist (am besten das vollständige docker-compose.yml-File oder das Docker-Run-Command, oder falls das nicht geht in Unraid halt Screenshots der Docker-Config).
- Deine Nextcloud config.php
- Deine NGINX Proxy Manager Config.
Tipp: Das Support template kann dir dabei behilflich sein.