Manchmal ist Nextcloud etwas komisch. Schau im Papierkorb und lösch evtl. da erst mal alles weg. Auch kannst du versuchen den Ordner zu verschieben und dann zu löschen.
Wenn das alles nicht hilft, kannst du so vorgehen. Ich gehe davon aus, dass du Shellzugriff hast.
a.) du gehst in den Ordner /var/www/html/nextcloud/data/username/files oder so ähnlich
b.) dort gibt es deinen Ordner
c.) lösche ihn: rm -rf ordnername (Achtung: löscht Ordner und Inhalt)
d.) nun musst du auch deiner Nextcloud das mitteilen:
sudo -u www-data php occ files:scan --all
bzw. mit ganzen Pfad
sudo -u www-data php /var/www/html/nextcloud/occ files:scan --all
(oder so ähnlich je nach Pfad)
Lese evtl.:
https://docs.nextcloud.com/server/latest/admin_manual/configuration_server/occ_command.html