Ich habe einen cron-job erstellt, der täglich um Mitternacht das Backup-Verzeichnis meiner Nextcloud-Installation leert, eine ggf. vom letzten Update vorhandene .step-Datei löscht, die vorhandenen .log-Dateien in ein externes Verzeichnis auf dem Server verschiebt und dort mit einem Zeitstempel im Dateinamen versieht.
Spricht grundsätzlich aus technischer Sicht irgendetwas dagegen?
Prinzipiell nicht, aber ich sehe nicht wirklich eine Notwendigkeit für eine Bereinigung des Backup-Verzeichnisses und der .step-Dateien jede Nacht, denn ersteres wird nur während eines Updates befüllt und letztere werden nur während eines Updates angelegt, bzw sollten sie, wenn das Update korrekt durchläuft, automatisch entfernt werden.
Lange Rede kurzers Sinn: Kaputt macht es wohl nichts, aber es macht halt auch sonst nichts die meiste Zeit. 
Und die Logdatei könntest du auch direkt irgendwo anders erstellen, und sie dann bei Bedarf z.B. mit logrotate rotieren lassen: Configuration Parameters — Nextcloud latest Administration Manual latest documentation
Wenn es für dich aber so passt, spricht nichts dagegen. Nextcloud erstellt einfach wieder eine neue Logdatei, wenn die bestehende gelöscht oder verschoben wird. 