Ich glaube das geht nicht. Du kannst dem Benutzer aber einen Quota von 0 B geben. Dann kann er auf der untersten Ebene nichts anlegen.
Bei Anlage des Benutzers solltest du dann aber auch keine Dateien anlegen lassen.
Lese Providing default files.
Zusammengefasst. Einfach in config/config.php einen leeren Wert und kein Verzeichnis eintragen:
'skeletondirectory' => '',