Hallo @johann-56
Da du sagst, dass du lernen willst, erlaube ich mir, ein paar grundsätzliche Gedanken zu deinem Konzept zu äussern und sage gleich zu Beginn: Ich würde es nicht so machen. 
Und jetzt die Erklärung…
Zunächst kommt es darauf an, ob die beiden Instanzen auf dem gleichen Server bzw. der gleichen lokalen IP laufen oder auf verschiedenen Servern/lokalen IPs, und hier eines vorweg: In keinem der beiden Fälle muss man unterschiedliche Ports verwenden.
Falls beide Instanzen auf dem gleichen Server/der gleichen lokalen IP laufen, gibt es sogar absolut überhaupt gar keinen Grund unterschiedliche Ports zu verwenden. Stattdessen könntest du für jede Domain einen eigenen VirtualHost im Webserver einrichten (was du ja sowieso musst), die beide auf Port 443 hören und dann unterschiedliche DocumentRoots definieren (was du auch sowieso musst), in denen dann die jeweiligen Nextcloud Instanzen installiert sind. Der Webserver unterscheidet dann anhand des Domainnamens, für welchen DocumentRoot und damit für welche Nextcloud Instanz die Anfrage bestimmt ist.
Domain-nc1.de → /var/www/nc1
Domain-nc2.de → /var/www/nc2
Wenn die Instanzen auf verschiedenen Servern/lokalen IPs laufen, ist das mit den verschiedenen Ports zwar eine Möglichkeit, um Verbindungsanfragen an eine einzelne öffentliche IP an die richtige interne IP weiterzuleiten, aber imho keine sehr gute, da man, wie @SysKeeper schon sagte, immer die Portnummer mit angeben muss und damit auch die HTTP Challenge zum automatischen Bezug von Let’s Encrypt Zertifikaten nicht funktioniert (benötigt zwingend Port 80 und 443).
Eine viel elegantere Variante wäre hier ein Reverse Proxy, der die Anfragen für beide Domains auf Port 443 entgegennimmt und dann anhand des Namens die Anfragen an die richtige interne IP weiterleitet, ähnlich wie die VirtualHosts das auf dem einzelnen Server für die verschiedenen DocumentRoots machen. Gleichzeitig kann dieser Reverse Proxy dann auch noch die HTTPS-Zertifikate für alle Instanzen gleichzeitig verwalten.
Siehe auch: 101: reverse proxy
Apropos Namen. Um mehrere Instanzen zu betreiben, braucht man nicht unbedingt mehrere registrierte Domainnamen, sondern kann auch verschiedene Subdomains einer einzigen Domain verwenden (nc1.domain.de, nc2.domain.de usw.). Aber das bleibt natürlich dir überlassen. 