Was ist in der config.php? Schau noch mal bzgl. Cron hier. Du brauchst für z. B. www-data einen Eintrag
*/5 * * * * php -f /var/www/nextcloud/cron.php den du mit
crontab -u www-data -e
als root für www-data anlegst. Pfad musst du anpassen. Alternativ kannst du auch die AJAX-Methode verwenden, dann werden Cron-Jobs immer mal wieder beim Aufruf der Nextcloud durchgeführt. Davon wird aber abgeraten.
Du kannst auch Cron einmalig ausführen. Aufrufen als root:
sudo -u www-data php -f /var/www/nextcloud/cron.php