nunja, aber es funktioniert. 
Ich verändere die mitgelieferte .htaccess von Nextcloud nicht; habe sie mir gerade angeschaut, aber die php-Optionen beziehen sich auf mod_php.
Ich verwende das FPM-PHP und meine Einstellungen finde ich wie oben angegeben. Wenn ich dort eine Änderung mache, kann ich diese anschließend in phpinfo() sehen, ohne zusätzlich die .htaccess zu ändern.
Zu erwähnen bliebe der post_max_size:
Original: 8M
Meine: 128M
und upload_max_filesize
Original: 2M
Meine: 100M
betrifft beides FPM-PHP. Der Upload von 5GB Dateien klappt ohne Probleme 
Viele Grüße!