Servus @wurzelmuepf, willkommen zum Nextcloud Community Forum 
du möchtest also eine inkrementelle kopie deiner lokalen daten auf eine nextcloud instanz via webdav?
soweit ich weiß geht das nicht mit dem DesktopClient, könnte mich aber irren?
das hier könnte für dich eine lösung sein Using syncthing to backup data folder - #2 by scubamuc. mit rclone kannst du auch lokale dateien/verzeichnisse inkrementell per webdav in deine Nextcloud instanz kopieren.
Beispiel copy script:
#!/bin/bash
## Copy documents local --> NEXTCLOUD-01
/usr/bin/rclone copy /home/$USER/Dokumente NEXTCLOUD-01:/Dokumente -P ;
exit
Beispiel sync script:
#!/bin/bash
## Sync documents local --> NEXTCLOUD-01
/usr/bin/rclone sync /home/$USER/Dokumente NEXTCLOUD-01:/Dokumente -P ;
exit
Beispiel bidirectional sync script:
#!/bin/bash
## Sync documents local <--> NEXTCLOUD-01
/usr/bin/rclone bisync /home/$USER/Dokumente NEXTCLOUD-01:/Dokumente -P ;
exit
IMPORTANT
Synchronisation is NOT Backup!!