das skript kann das nur als ganzes. du kannst dir auf der console aber das tgz auspacken, nach der fehlenden datei suchen und nach nextcloud-data zurückspielen. unter beachtung der schlüssel thematik. soll heißen, ich hab irgendwie in erinnerung, dass zu jeder datei eine schlüssel datei existiert. denn müsste man dann auch entsprechend zurück sichern. bin da aber nie tief eingetaucht.
und dann mit occ files:scan die datei wieder in der gui sichtbar machen.
kein platz das tgz auf dem server auszupacken? anderes backup tool wählen, eins welches einem die möglichkeit gibt, dass backup archiv einfach zu mounten.
mit dem mount des backup archivs sollte es auch möglich sein, die eine gelöschte datei zu finden. einfach ein file diff über beide verzeichnise laufen lassen.