okey habe endlich die Lösung für den Cronjob der Nextcloud in einem Docker Container gefunden.
im crontab des root users muss folgende Zeile hinzugefügt werden:
*/5 * * * * docker exec -u www-data *containername* php /var/www/html/cron.php
Laut diesem Thread wäre Best Practice den CronJob in einem eigenen Container auszuführen, funktioniert mit dem Nextcloud container bei mir allerdings aktuell auch.