Ich nutze kein NextcloudPi. Ich halte es aber für notwendig die gesamte SD-Karte zu sichern. Das wiederum wird nicht im laufenden Betrieb funktionieren.
Es gibt Software um ein Image von SD-Karten zu erstellen.
Linux Desktop:
Das geht z. B. mit dem Standardtool “dd”.
Windows:
Windows bietet wohl keine Standardtools an. Du kannst aber mal nach BalenaEtcher, Rufus oder usbimager.
Das Image kannst du lokal auf deinem Rechner sichern. Es wäre aber gut, wenn du eine mindestens genauso große zweite SD-Karte hättest, um das Image zurückzukopieren und auch mal auszuprobieren.