Grundsätzlich ist es eine schlechte Idee Nextcloud nur mit Webserver-Zugriff zu installieren, da du dort keine Möglichkeit hast occ-Kommandos auszuführen.
Mir fällt höchstens noch ein, dass du (wahrscheinlich im Ordner updater) eine Datei .step hast. Diese gibt den Schritt der Aktualisierung an. Benennen die Datei um und versuche das Update ohne diese Datei erneut. Auch kannst du andere Werte in die Datei eintragen. Vielleicht hilft es. Vielleicht aber auch nicht.