Teile kann man schon austauschen. Dafür braucht man keine Unterstützung.
Einstellungen -> Verwaltung -> Design
Bei einen Public Sharre (z. B. Download) wird oben lnks das Logo aus “Theming” genutzt.
Beispiel: https://nc.nl.tab.digital/apps/theming/image/logo?v=2


Leider weiß ich nicht, warum das Logo im Theming-Original einen schwarzen Hintergrund hat und in der Darstellung mit dem Standard-Blau-Hintergrund dann blau.
Bei eigener App wirst du wohl Unterstützung benötigen. Ich halte das aber in 99% aller Fälle für sinnlos. Am Ende lügt man sich damit nur selbst nur an.
Ich nutze z. B. die Android-App auch für etliche Nextclouds parallel und brauche kein Branding. Wobei selbst die Android-App die Designvorgaben für die Webseiten sogar in Teilen übernimmt. Niemand wird eine zweite gebrandete App (Desktop, iOS, Android) installieren, wenn er eine andere Nextcloud zusätzlich verwendet oder Nextcloud schon kennt.
Einige Firmen glauben durch ein Branding sich von den anderen Hundertausenden Nextclouds abheben zu können und verkaufen das im schlimmsten Fall vielleicht sogar noch als Sicherheitsfeature. Meistens führt ein Branding nur zu verzögerten Updates und somit eher zu weniger Sicherheit. Also besser Finger weg davon es sei den man ist wirklich groß und hat einen Enterprise Support von der Nextcloud GmbH.