Das liegt vorallem daran, dass Nextcloud ein sehr populäres Projekt / Produkt ist.
Viele dieser Issues sind keine “breaking” Bugs, sondern kleinere Unschönheiten, um die man herumarbeiten kann, und ein weiterer, sehr großer Teil sind gar keine Bugs, sondern Feature Requests oder Supportanfragen. Die schwerwiegenden Bugs werden in der Regel zeitnah behoben, und die meisten davon kann man umgehen, indem man nicht immer sofort auf die neueste Version updatet, sondern wartet, bis das erste oder besser noch das zweite Point Release herauskommt.
Die würde vorallem dann leiden, wenn sich die Devs sich nur noch im Issue Tracker aufhalten würden, um auf jeden kleinen Einzelfall eingehen und Support zu leisten, anstatt das Produkt weiterzuentwickeln, und die echten Bugs zu beheben.
Und wenn die Qualität in gewissen Fällen tatsächlich leidet, denke ich nicht, dass es an der Zahl der offenen Issues liegt, sondern eher an der manchmal (zu) schnellen Entwicklung, sprich dass man zu viele neue Features auf einmal implemntieren will. Die Core Features funktionieren aber imho seit Jahren sehr zuverlässig, vorallem wenn man die “Warte bis zum ersten oder zweiten Point Release” Regel befolgt.
Was? Die Zahl im Issue Tracker kleiner machen, damit es für Neulinge besser aussieht, oder echte Probleme lösen?
Wenn dir Letzteres wichtig ist, dann solltest du konkrete Probleme mit der Software benennen, anstatt dich an einem Counter auf GitHub aufzureiben. 
Oder, wenn du Nextcloud kommerziell nutzt, könntest du einen Supportvertrag mit der Nextcloud GmbH abschließen. Dies hätte zum einen den Vorteil, dass du länger auf einer bestimmten Version bleiben könntest (LTS Support) und somit weniger von Bugs betroffen bist, die mit neuen Versionen eingeführt werden, und zum anderen würdest du das Projekt direkt mit Geld unterstützen, das z.B. dazu verwendet werden könnte, Entwickler zu bezahlen, die Issues auf GitHub bearbeiten.
Und immer daran denken, mehr Nutzer, die nichts direkt beitragen, bringen einem OSS Projekt erst einmal gar nichts, ausser potentiell noch mehr offene Issues auf GitHub.